這是五十年后的未來，世界被“神”吞噬殆盡而荒蕪的架空故事。 由于遭到突如其來的怪物“荒神”的破壞而失去平衡。在人類文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而無效化下，生化科技企業“芬里爾”成功利用荒神細胞開發出了名為“神機”的生物兵器。并同時組織了特殊部隊“GOD EATER”。自此，人類終于獲得了與荒神對抗的力量。 于是，追求知性之極致的荒神，與追求物種延續的人類之間的戰爭便此展開。在破滅的盡頭，究竟是神會先成為人，還是人會先成為神呢？