西元2199年，來自太陽(yáng)系外的敵人加米拉斯帝國(guó)，為了挽救母星的危亡，開始侵略其他星球。地球軍在與加米拉斯帝國(guó)軍的交戰(zhàn)中慘敗，同時(shí)加米拉斯帝國(guó)軍向地球發(fā)射大量含有放射能的游星炸彈。地球的抵抗力量越來越弱。本與加米拉斯為雙子星球的伊斯坎達(dá)爾星球仗義相助，向地球發(fā)送了波動(dòng)引擎和波動(dòng)炮的設(shè)計(jì)圖紙，并告知地球軍本星球擁有清除放射能的設(shè)備“宇宙清洗器D”。在與歐洲、美洲失去聯(lián)系的情況下，地球防衛(wèi)軍利用伊斯坎達(dá)爾星球提供的技術(shù)將沉睡于海底的大和號(hào)改造為宇宙戰(zhàn)艦。大和號(hào)全體乘員踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。